I Nederländerna är Scientology-kyrkans religiösa status och natur inte ifrågasatt från statens sida. Under årens lopp har både nationella myndigheter och domstolsväsendet upprepade gånger gett Scientology erkännande som religion, samt bekräftat att Scientology-kyrkan är en religiös organisation som erbjuder religiösa tjänster till sina församlingsmedlemmar. Scientology-kyrkan är registrerad som en religiös organisation, med status som juridisk person.
Ministerier i Nederländerna uttrycker sitt erkännande av Scientology-religionen i sin behandling av kyrkan, dess församlingsmedlemmar och pastorer. Till exempel ger justitieministeriet Scientology-pastorer rätten att besöka fängelser för fångarnas själavård; utbildningsministeriet ger scientologer rätten att bilda egna skolor för att undervisa sina barn i enlighet med sina religiösa övertygelser; och skattemyndigheten godtar Scientologys religiösa status.
År 2007 fick en av kyrkans församlingsmedlemmar rättsligt godkännande att ge sitt barn hemundervisning baserat på hennes och hennes dotters religiösa övertygelser. Domstolen stödde sig på Europeiska domstolen för de mänskliga rättigheternas utslag i målet Church of Scientology v. Moscow (5 april 2007, ansökningsnr 18147/02). År 1991, i enlighet med principerna för religiös jämställdhet och icke-diskriminering, blev en skattehandläggare instruerad av sina överordnade att behandla en Scientology-pastors deklaration på samma sätt som för präster i andra religioner.
